在弹压任助法亲王之乱、流放原村中藩藩主龙造寺政家以及转封会津藩支藩进入肥前、日向两国后，上杉氏虎就与八条景定二人一同返回了东都江户城，并再度着手建设这个武家之都。
天正三年，七月。
为了让上杉将军家的统治稳如磐石，以及不断增加诸大名的经济负担，削弱诸大名的经济实力，使得诸大名丧失与幕府为敌的经济力量。
上杉氏虎就听从了来自亲信近臣狩野秀治（原上杉谦信旗本，越中国人领主狩野秀基之子）的建议，召集了亲藩大名、谱代大名、外样大名在内的七十多家大名，以“公仪御普请”的名义要求他们提供“千石夫”。削平神田山、填埋日比谷入江和丰岛洲崎（江户前岛）的沼泽地，改建成市区街道——包含以上项目的此次大规模工程被称为“五畿八道八十八州之町普请”，每处修缮之地还被命名为越中町、加贺町、尾张町、美浓町、肥后町、丰前町、筑前町、岩代町、陆中町等五畿八道的令制国之名。
之后，这些大名还修造内堀和石垣，并修缮了名为“大名小路”的大名住宅街。
“千石夫”指的是以每人一千石的比例承担夫役，是自中世以来的全国范围内的课役，无论不同领主之间是否存在差别都统一课役。
直到天正九年秋季之后，为了确立“东都御公役”的基准，幕府命令诸大名出具记录领地石高和年成石高的乡账和领地绘图，这与先前命他们制作国绘图的命令相关。国绘图原本是实行律令制国家以来的朝廷权限，是为了让天皇本人御览而制成的。
此次东都的大规模建设筑造了总长达一千七百五十间的石垣，修造了马场先、雉子桥、一桥、神田桥、常盘桥、吴服桥、锻冶桥、数寄屋桥、日比谷枡形等，完成了江户城的内郭建设。响应征召的这些大名之中，从伊豆等地崩山取石运往江户的“寄方”达三十八家共三百四十三万石，筑造石垣的“筑方”达七十家共五百七十一万石，前者为近畿诸国、东海道地区的大名，后者为北陆道、关东八国、奥羽两州的大名，而且当中的三分之二为谱代大名和亲藩大名，这也是此次大修缮工程的一大特征。
“寄方”和“筑方”两方共一百零八家、九百一十四万石，加上前不久的二条城、大坂城等地的修缮，幕府征召的大名达到了一百六十余家、一千五百七十余万石，除了北海道的“无高大名”以外，基本上五畿七道所有的大名同时被课以夫役。
在上杉将军家将江户城正式定为本据之前，江户城就有了一定的发展。
连接江户湾海运和利根川水系的江户凑，也是东海道、奥州街道、甲州街道的交界点。而小田原城作为曾经一度关东八国的中心，偏于西隅，曾是镰仓幕府本据的镰仓则是过于狭小。
与此同时，为了进一步稳固上杉将军家在近畿诸国的权势和统治，上杉氏虎还令京都町奉行泉重岁、京都所司代须贺盛能二人颁布五条法令：一、町人若要申诉，须以书面形式投入目安箱中；二、町人若欲诉讼，无须依赖町奉行和所司代家中任何人，直接申诉即可；三、公事（诉讼、审判）之事，若仰仗私交而提交依赖状，无论是非曲直，皆判为负；四、纵使为所司代、町奉行，亦不得赊账购买町人商品；五、武家奉公人发布告示向町人传达所司代之令，若有可疑之处，可直接询问于所司代。
这些条令使得町人有言说或诉讼之欲，均可直接上报，即允许直诉，令目安箱进一步制度化。而且，从所司代发出的命令可以直接传达给町人。而京都町奉行、京都所司代的家臣并没有依凭于町奉行、所司代的权威，也没有充当诉讼过程中的斡旋和中介角色，这表明他们汲取町人社会的意向，通过颁布法令来推行行政，进行公正的审判，同时，这些法令也是作为京都町奉行、京都所司代的家中武士的相关律条。
伴随东都进行大规模的修缮工程，幕府还确立了旗本番士的入番制。
在入番制中规定，若是大番头之子要进入小姓组，大番组头的儿子中也要有一人进入小姓组。父兄弟中若有人侍奉于书院番之中，那就加入小姓组；父兄弟之中有人侍奉于小姓组之中，则加入书院番；若父亲在远国任职或就任目付、使番，其子则加入小姓组；若同时满足多个条件，需要同时加入到两番之中的“门第”子嗣，若有兄弟身处大番之中，则加入小姓组。并不以个人的能力，而是以父兄的差役决定晋升的起点，这一制度的反复实行就促成了“门第”的形成。
八月，谱代大名、旗本的两百九十余名子弟入番，此外还有不少人担任诸奉行的役职，这些人大多是家中次男或三男以下的身份。
不仅如此，幕府还规定了谱代大名和旗本在江户城内候见的殿席——高家、诘众在雁之间；奏者番、留守居、郡奉行、町奉行、作事奉行、目付等在芙蓉间；三番（书院番、小姓组、大番、新番、小十人组）的番头、百人组头等在菊之间。
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